Выпускница Санкт-Петербургской Государственной консерватории им. Н. А. Римского-Корсакова 2009 года по классу фортепиано (класс доцента Н. М. Эйсмонт) и классу клавесина (класс профессора И. В. Розанова). В 2017 году окончила ассистентуру-стажировку Санкт-Петербургской консерватории (класс профессора, доктора искусствоведения И. В. Розанова).

Лауреат всероссийских и международных конкурсов: I Межвузовский конкурс клавесинистов (2007), III Открытый Всероссийский конкурс вокально-фортепианных дуэтов (2006), I Всероссийский конкурс фортепианных ансамблей (2011), International Piano and String Competition (2017), Международный музыкальный конкурс «MELOS» (2018), XIII Всероссийского открытого конкурса фортепианных дуэтов «За роялем вдвоём» им. А.Г. Бахчиева (2021).

Елена Чупахина выступает в качестве сольного исполнителя (фортепиано, клавесин) и в составе фортепианного дуэта с Ольгой Чупахиной. В 2016 году фортепианный дуэт Ольги и Елены Чупахиных был принят в Санкт-Петербургское Объединение Фортепианных дуэтов. Является постоянной участницей концертов фортепианных ансамблей в Доме Композиторов.

Как клавесинистка Елена выступает в составе Ансамбля старинной музыки под руководством Владимира Шуляковского.

Елена является автором музыки для фортепиано, фортепианного дуэта, клавесина, электронного фортепиано и вокальной музыки. В 2021 году пьеса «Атланты» для двух фортепиано была выбрана обязательным произведением XXVI Международного детского конкурса фортепианных дуэтов им. Л.А.Брук «Брат и сестра».

В 2016 и 2017 году записала два альбома с собственными сочинениями на Петербургской Студии Грамзаписи.

Репертуар Елены Чупахиной включает музыку различных стилей и жанров: от Дж.Фрескобальди, Ф. Куперена, Ж.Ф.Рамо, И.С. Баха до фортепианной музыки Ф.Шопена, К.Дебюсси, М. Равеля, С. Рахманинова и С.Прокофьева.